جزیره قبر ناخدا زیستگاه گونه‌های جانوری متنوعی همچون پرستوی دریایی سفید، لاک پشت، سوسمار و... است. دلیل نام‌گذاری این جزیره به قبر ناخدا به این خاطر بوده که روزگاری دختر ناخدایی که به همراه خانواده خود در حال سفر در خلیج فارس بوده است، به علت بیماری مهلکی درگذشته و در این جزیره به خاک سپرده شده است؛ در واقع این جزیره مدفن دختر ناخدا است نه خود او!