بارگاه امامزاده سید مظفر از جاهای دیدنی قشم است که در بخش مرکزی جزیره قرار دارد. این بارگاه با همت سازمان منطقه آزاد قشم و معتمدین شیعه، در بزرگداشت امامزاده سید مظفر برپا شده است. امامزاده سید مظفر برای رویارو نشدن با عمال خلیفه، به جزیره قشم مهاجرت کرد و در آن مخفیانه ساکن شد. از تاریخ وفات او گزارشی ثبت نشده است. بنای ساختمان بقعه شامل شبستانی به مساحت ۱۵۰ مترمربع به همراه گنبد و دو گلدسته می‌شود.