آرامگاه سید جعفر بن موسی کاظم در دل باغی سرسبز، وسیع و زیبا قرار دارد. قبر شریف امامزاده سید جعفر در ضلع جنوب شرقی مسجد جای گرفته و بر فراز آن گنبدی بزرگ بنا شده است. تا سال ۱۳۷۶ تنها صندوقچه‌ای چوبی روی قبر قرار داشت؛ اما از آن سال به بعد جهت نذورات امامزاده، ضریح مشبک آلومینیومی تهیه کردند و روی قبر پوشیده در پارچه سبز این بزرگوار قرار دادند. در مدخل صحن امامزاده زیارت‌نامه‌ای نصب شده است که هر زیارت‌کننده طبق آداب زیارت، ابتدا این زیارت‌نامه را می‌خواند و سپس وارد حرم می‌شود.