مسجد حاجی بابا با قدمتی که به سال ۱۲۵۶ هجری قمری می‌رسد، در ضلع شرقی بازار قدیمی خوی قرار دارد و توسط علی اصغر حاجی بابا ساخته شده است. این مسجد دو در به طرف بازار حاجی بابا دارد. یکی از این درها که به صحن مسجد باز می‌شود، با کتیبه‌ای از آیات قرآن کریم آراسته شده و کاشی‌های لاجوردی آذین‌دهنده‌ی حاشیه‌های آن است. درب دوم طاق نمایی ساده دارد و رو به حیاط مسجد است. در دوران انقلاب اسلامی، این مسجد یکی از سنگرهای مردم این شهر بود.