موزه علوم طبیعی بهاباد مجموعه‌ای منحصر‌به‌فرد را در خود جای می‌دهد که در سه شاخه‌ی آبزیان و سایر موجودات، سنگ و فسیل و آموزش فعالیت می‌کند. مجموعه موزه شامل بیش از پنج هزار نمونه می‌شود و جانورشناسی، گیاه‌شناسی، سنگ و فسیل و میکروسکوپیک بخش‌های این موزه را تشکیل داده‌اند.