مسجد سیدالشهدا خوی در بخش مرکزی و بافت قدیمی شهر، در ضلع شمالی خیابان انقلاب و روبروی بازار قدیمی قرار دارد. با قدمتی که به دوره قاجار بازمی‌گردد، این مسجد در سال ۱۲۲۶ هجری قمری، با ۸۰۰ متر مربع زیر بنا ساخته شده است. بنای مسجد شامل شبستانی یک طبقه و دالان ورودی می‌شود که هماهنگی ترکیب سالن و دالان ورودی، آجرکاری ستون‌های شبستان و تزیینات آجری نمای داخلی گنبدهای سقف پوش و گوشواره‌های آن در خور توجه هستند.