مسجد خواجه خضر مربوط به دوره صفوی-دوره قاجار است و در نایین، محله نوآباد واقع شده و این اثر در تاریخ ۳ خرداد ۱۳۸۶ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. ورودی مسجد در جلو راستای بازار واقع شده است. مجموع فضای مسجد شامل چهاربخش صحن، فضای سرپوشیده، فضای باز یا مهتابی و زیر زمین است. صحن نسبت به زیر بنای کل مسجد کوچک و بدون واسطه با درب ورودی راسته بازار ارتباط دارد. فضای مسقف شامل دو سالن بزرگ و جایگاه برپایی نماز جماعت است که قسمت عمده بنای مسجد را تشکیل می‌دهد.