مدرسه میرزا جعفر یک مدرسه علوم دینی در شهر مشهد که در ضلع شمالی صحن انقلاب حرم امام رضا (ع) واقع گردیده و از بناهای با ارزش دوره صفویه است و توسط میرزا جعفر سروقدی ساخته شده است. این مدرسه از جاهای دیدنی مشهد و بزرگ‌ترین مدرسه شهر است. از جمله گنجینه‌های نفیس معماری این بنا، گچ‌بری‌های زیبای در ورودی مدرسه و ایوان شمالی مدرسه است. مدرسه میرزا جعفر، امروزه در محدوده‌ی حرم واقع شده و از جنوب به صحن انقلاب اسلامی، از غرب به بست شیخ طبرسی و از شمال و شرق به دانشگاه علوم اسلامی رضوی محدود شده است.