موزه باستان‌شناسی بیرجند در طبقه اول عمارت اکبریه سال ۱۳۷۱ تأسیس و سال ۱۳۷۴ با طراحی نو تجهیز شد. این موزه بزرگ‌ترین موزه باستان شناسی استان خراسان جنوبی است و مشتمل بر بخش‌های متعددی است: از بخش‌های مهم آن می‌توان به بخش سفال، سکه، فلز، اسلحه و ابزار آلات جنگ، بخش روشنایی، قرآن و کتابت و نیز مجموعه‌ای از اشیا و مواریث خاندن امیر اسدالله علم (که توسط بنیاد مستضعفان در اختیار موزه‌ی بیرجند قرار داده شد) و تالار آینه اشاره کرد. در موزه باستان‌شناسی بیرجند اشیا به نمایش گذاشته شده، سیر تاریخی مدون و منظمی را از هزاره سوم قبل از میلاد مسیح (ع) تا دوره قاجار، مشتمل بر بخش‌های متفاوتی در بر می‌گیرند.