مدرسه فیضیه و مدرسه دارالشفا که در دوره صفویه تاسیس شدند، از جمله مدارس مهم علمی شهر قم محسوب می‌شوند. مدرسه فیضیه در شمال صحن عتیق حرم حضرت معصومه (س) قرار دارد و با توجه به کتیبه سر در ایوان جنوبی آن، به شاه طهماسب صفوی نسبت داده شده است. بنای فعلی مدرسه توسط فتحعلی‌شاه بنا شد. در سال‌های دهه ۱۳۷۰ شمسی، زیرزمینی را در وسط این مدرسه ساختند و کتابخانه آن را نیز به‌صورت کلی تجدید بنا کردند. این مدرسه به دلیل هم‌جواری با مسجد اعظم قم و مدرسه دارالشفا به‌نوعی کانون مرکزی حوزه علمیه قم به‌شمار می‌رود و بخشی از مهم‌ترین درس‌های حوزه قم و نیز اجتماعات حوزوی در این مدرسه برگزار می‌شود. سردر ورودی مدرسه فیضیه دارای طاقی جناغی شکل است و صحن اصلی آن با ابعاد ۵۰ در ۸۹ متر، چهار ایوان دو طبقه دارد. در هر دو طبقه ۴۰ حجره جای گرفته است و سردر، ایوان‌ها و پیشانی حجره‌ها با کاشی‌های رنگی تزیین شدند. مدرسه فیضیه در تاریخ ۹ بهمن ۱۳۸۶ با شماره‌ی ثبت ۲۰۷۱۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسید.