مسجد جامع گناباد با نقشه‌ای دو ایوانی از سردر تزیینی، صحن یا میانسرا، ایوان شمالی و جنوبی، رواق و سه شبستان ستون‌دار تشکیل می‌شود. ایوان اصلی یا ایوان قبله در سمت جنوبی صحن واقع شده است و تزییناتی آجری مانند دو قطار پیچ، نوارهای اسلیمی و یک حاشیه کتیبه قرآنی به خط بنایی دارد. کتیبه داخل ایوان حاوی نام بانی خیر و سازنده مسجد است. در ایوان اصلی مسجد جامع محرابی با نقوش هندسی گیاهی و کتیبه‌هایی به خط معلقی مشاهده می‌شود. در ضلع شرقی ایوان شرقی شبستانی موسوم به قرآن جای دارد که پوشش سقف آن بر روی چهار ستون قرار دارد. با قدمتی که به دوره خوارزمشاهیان بازمی‌گردد، مسجد جامع گناباد با شماره ۳۲۵ در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.