مدرسه علمیه حبیبیه در سال ۹۱۸ قمری توسط میرزا حبیب‌الله امانی تونی ساخته شده است و از مدارس دو ایوانی دوره صفوی است، که دارای هشتی، پیشخوان، میان‌سرا، مسجد و حجره‌هایی اطراف آن قرار دارد. مدرسه حبیبیه قدیمی‌ترین مدرسه علمیه در خراسان جنوبی است. این بنا در مجاورت مدرسه علمیه علیا و در شهر تاریخی تون در جنوب فردوس قرار گرفته است.