کاروانسرای مظفری در نزديكی آرامگاه كوروش، در مجموعه پاسارگاد قرار دارد و قدمت آن به دوره آل مظفری بازمی‌گردد. با حیاطی به مساحت ۲۰۸ مترمربع، بنای این کاروانسرا را از سنگ‌‌هایی نامنظم که از کاخ‌های پاسارگاد ربوده شده است، ساخته‌اند. سنگ‌های بنا را با استفاده از ملات گچ روی یک‌دیگر سوار کرده‌اند و در برخی قسمت‌ها از هیچ ملاتی استفاده نشده است.