بنای تاریخی خواجه خضر یکی از آثار تاریخی ارزشمند استان خراسان جنوبی و شهرستان بیرجند است. این بنای تاریخی به لحاظ استقرار مکانی در خیابان منتظری، کوچه پست قدیم، مقابل حسینیه و مدرسه شوکتیه قرار دارد. به دلیل اینکه در زمان ساخت این بنا اطراف آن آرامگاه بوده ارزش فراوانی جهت ادای نماز میت و مراسم تدفین برای اهالی در بافت شهری داشته است. آنچه درباره پیشینه این بنا می‌توان به آن استناد کرد آن است که بنای مزبور دارای دو بانی به نام‌های خواجوی و منصف بوده است و زمان ساخت آن به دوره قاجاریه بر می‌گردد. در مجموع، شیوه طراحی بنا به صورت تک ایوانی است و با نمای آجری که به شکل خفته راسته چیده شده است. دیوارهای بنا تماماً از خشت خام با رویه کار خشت پخته است. از عوامل تزئین شده بنا می‌توان به شرح ذیل نام برد، هشتی ورودی با فضای گنبدی آن، طاق‌نماهای قرینه در دو طرف پاکار قوس پیش طاقایوان به صورت مقرنس‌کاری، گنبد ایوان که در زیر آن از تزئینات رسمی بندی استفاده شده است، طاق‌نماهای تزئینی بکار رفته در دو جبهه صحن بنا و شکل و فرم خاص هشتی های طبقه اول. این بنا به دلیل نوعی مسجد آرامگاه به‌شمار می‌رود و نمونه آن در استان خراسان به صورت محدود است و نشانگر آداب و رسوم تدفین در آن زمان است.
این بنا به شماره ۱۸۸۳ در فهرست آثار تاریخی ایران به ثبت رسیده است.