کوه خضر نبی در ۶ کیلومتری مرکز قم به سمت جنوب و در جوار شهرک ایثار قرار دارد. شهر قم را از فراز این کوه می توان دید. بر قله این کوه در سه هزار سال پیش غاری بوده که امروز به مسجد کوچکی تبدیل گردیده است و گفته می شود که محل زیارت خضر نبی بوده است. این کوه در گذشته محل نیایش عارفان بوده است. ارتفاع کوه حدود ۳۰۰ متر است و در نزدیکی کوه دوبرادران در ادامه رشته کوه زاگرس قرار دارد.
مسجد جمکران نیز در نزدیکی این کوه قرار دارد. مسیر زائران مسجد جمکران طوری طراحی گردیده که از دامنه این کوه می گذرد. کوه خضر نبی از نظر تفریحی نیز مورد توجه ساکنان قم بوده و همچنین در طراحی مسیر بالارفتن از این کوه این نکته در نظر گرفته گردیده است که هر گروه سنی چه خردسال و چه کهنسال بتواند از ان بالا رود. در دامنه این کوه چندین شهید گمنام به خاک سپرده گردیده اند.