این کلیسا مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، واقع گردیده و در حال حاضر خیابان توحید از مجاور آن عبور میکند. این اثر در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۷۶۴۷ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده. کلیسای هاکوپ مقدس در محوطه کلیسای مریم مقدس قرار دارد دارای سالنی منفرد با محراب مستطیل شکل و سه گنبد کوچک است که گنبد میانی دارای گریل ۸ ضلعی است. دیوارهای کلیسا تا ارتفاع ۱.۳۵ متر دارای تزئیناتی با کاشی لعاب دار استند که یادآور هنر معماری قرن ۱۷ میلادی ایران است. بخش بالایی دیوار به سبک شرقی- اروپایی متمایل به سبک ایتالیایی می باشند. کلیسای هاکوپ، یا کلیسای یعقوب مقدس، قدیمی ترین کلیسای شهر اصفهان است. سال ساخت این کلیسا ۱۶۰۶ میلادی است.در سال ۱۶۱۳ میلادی در اطراف این کلیسا، ساختمان کلیسای مریم مقدس را ساخته اند و در حال حاضر کلیسای هاکوپ در داخل کلیسای مریم مقدس و در ضلع شمالی آن قرار دارد.