مسجد مدرسه سلطانی، در مجموعه بازار تاریخی کاشان واقع است که متعلق به دوره قاجار است و با همه خصوصیات معماری اولیه و فنون معماری معمول در آن زمان، پا برجامانده است. این مسجد مدرسه به شماره ۲۵۱ در تاریخ ۳۰/۳/۱۳۲۵ در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.
مسجد سلطانی که هم اکنون به مسجد و حوزه علمیه امام خمینی (ره) معروف است از یادگارهای معماری دوره قاجار و از بزرگ‌ترین و با شکوه‌ترین مدارس علمیه کاشان است که بنا به دستور فتحعلی شاه قاجار از سال ۱۲۲۱ تا ۱۲۲۹ هجری قمری به سبک مدارس چهار باغ و صدر اصفهان و به معماری استاد محمد شفیع و همت میرزا ابوالقاسم اصفهانی بنا گردیده و تولیت و تدریس آن به ملا احمد نراقی واگذار گردید.