این مسجد درجنب خانقاه مزبور ساخته گردیده است و جامع مفیدی بنای ااماه ی آن را به خانش بیگم همشیره ی شاه طهماسب که همسر یکی از نواده های شاه نعمت الله بوده است نسبت می دهد بنا به قول ایرج افشار قدیم ترین تاریخی که حدود بنای مسجد را نشان می دهد سنگ محراب آن است که مربوط به سال 873 هجری است وحال آنکه خانش بیگم در 999 هجری فوت کرده است . بنابراین احتمال اینکه تاریخ بنای این مسجد مربوط به قبل از زمان وی باگردید صحیح تراست آیتی بنای این مسجد را به شاه ابوالاما فرزند شاه ابوالمهدی منسوب می داند وی معاصر شاه عباس بوده وچندی حکومت یزد داشته است .