مسجد زیرزمینی تربت جام در واقع آخرین بنا از ابنیه موجود در مجموعه معماری مزار شیخ احمد جامی به شمار می‌رود که در مجاورت فضای ورودی و جنب آب‌انبار قرار دارد. از دیدگاه معماری، مسجد زیرزمینی مشتمل بر دو قسمت زمستانی و تابستانی است. مسجد زیرزمینی (زمستانی) پایین‌تر از سطح معابر و گذرگاه‌ها است که ساختار آن گویای هویت و اصالت آن است.