رودخانه جاجرود به طول تقریبی ۱۴۰ کیلومتر از دامنه های جنوبی البرز مرکزی سرچشمه می گیرد. این رودخانه دارای چند سرشاخه است که مهم ترین آن شاخه ای است که از دامنه های جنوبی خرسنگ سرچشمه می گیرد. شاخه مهم دیگر شاخه ای است که از دامنه های کلون بستک سرچشمه می گیرد و پس از عبور از دربند، شمشک و میگون در منطقه فشم با شاخه خرسنگ بهم پیوسته و رودخانه جاجرود را به وجود می آورد. رودخانه آهار که از دامنه های شمالی توچال سرچشمه می گیرد در دهکده اوشان به این رودخانه می پیوندد و در پایین تر نیز شاخه امامه به آن متصل می شود. شاخه های فرعی لوارک، کنده رود و افجه نیز مستقیما به دریاچه سد لتیان وارد می شوند. این رودخانه پس از عبور از سد لتیان و طی ۲۳ کیلومتر که قسمت اعظم آن از منطقه حفاظتگردیده جاجرود و پارک ملی خجیر می گذرد در منتهی الیه پارک ملی خجیر با رودخانه دماوند تلاقی پیدا می کند.
جاجرود نام خود را از محلهٔ بسیار قدیمی و تاریخی جائیج یا جاج واقع در شهر لواسان گرفته است.